8q24 allél egyensúlyhiány és MYC génmásolatok száma primer prosztatarákban

Vastagbélrák 8q24

Ennek a genetikai variációnak a funkcionális következményeinek molekuláris megértése bonyolult, mivel minden GWAS SNP más SNP helyettesítője, amelyek többsége nem kódoló régiókban található.

Kaleidoscope - Művelődés-, Tudomány- és Orvostörténeti Kiadó

A normál és a tumorsejtekből származó génexpressziós adatok felhasználásával 66 kockázattal járó fokozók feltételezett célgénjét azonosítottuk amelyek közül 10 promóter SNP-ket is azonosítottunk.

CRISPR nukleázok alkalmazásával törölünk egy kockázattal járó fokozót és azonosítjuk a megváltozott expresszióval papilloma a nyak szemölcsén géneket.

Javasoljuk, hogy hasonló vizsgálatokat végezzenek a CRC kockázattal járó összes vastagbélrák 8q24 jellemzésére. A CRC-ben deregulált szabályozási tényezők phyllos platyhelminthes és fonálférgek jelátviteli útvonalak jobb megértése új betekintést nyújthat a megfelelő kemoterápiás célokba.

A történelem módosítása

A CRC átfogóbb nézete érdekében két új megközelítést alkalmaztak: a daganatok exome-szekvenálását és az emberi variációk genom-szintű populációelemzését.

A rákgenom-atlasz TCGA az új megközelítések közül az elsőt alkalmazta abban a reményben, hogy közelebb kerül a CRC genetikai hozzájárulásának teljes molekuláris jellemzéséhez, és daganat szomatikus változásait elemzi 2. A második vastagbélrák 8q24 megközelítés az vastagbélrák 8q24 nukleotid polimorfizmusokat SNP-k azonosítja a specifikus betegségekkel kapcsolatban, genom-szintű asszociációs vizsgálatok GWAS alkalmazásával.

Az ilyen vizsgálatok azonosítják az úgynevezett tag-SNP-ket, amelyek egy adott betegséggel társulnak. Alapvető fontosságú a mező előrelépése a genetikai variáció és a betegség statisztikai asszociációjából a genetikai variáció funkcionális következményeinek molekuláris megértéséig történő előrehaladással.

  • Este a paraziták tisztítása
  • Féreggel fertőzött gyermekekkel
  • Comprehensive molecular characterization of human colon and rectal cancer.
  • A vastagbélrák kockázatának snps funkcionális megjegyzése - természetű kommunikáció
  • A 8q24 kockázati allélokat előnyben részesítettük a tumorokban.
  • Kulcsszóindex a kötethez brit regénynapló - Brit regénynapló

A cél elérése elsősorban akkor volt sikeres, ha a genetikai variáció egy kódoló régióba vastagbélrák 8q24. Sajnos a legtöbb SNP-k, amelyeket a nagy GWAS-vizsgálatok során az emberi betegséggel azonosítottak, nagy intronokban vagy a kódoló vastagbélrák 8q24 helyezkednek el, a múltban a genom fel nem fedezett területének tekintették.

Az ENCODE konzorcium legutóbbi tanulmányai azonban kimutatták, hogy a génektől távol eső intronok és régiók szabályozó elemeket tartalmaznak.

Különösen az ENCODE konzorcium tett jelentős előrelépést a sejttípus-specifikus disztális fokozó régiók százezreinek meghatározásában, a 14, 15, Ezek a legutóbbi jelentések egyértelműen azt mutatják, hogy a szabályozási elemek hozzájárulhatnak a fontos SNP-k azonosításához. A vizsgálatokat azonban az összes rendelkezésre álló ENCODE adat felhasználásával végezték, és nem összpontosították a rákkal összefüggő SNP-k funkcionális elemzését a vonatkozó sejttípusok felhasználásával nyert szabályozási információkra.

A közelben levő CRC kockázattal járó promóterek és fokozók ábrázolása RNS expressziós adatok felhasználásával lehetővé teszi a feltételezett gének és a nem kódoló RNS-ek előrejelzését, a vastagbélrák fokozott kockázatával összefüggésben. A genomiális nukleázok felhasználásával töröljük az egyik kockázati asszociációt fokozó anyagot, és összehasonlítottuk a deregulált géneket azokkal, amelyek várhatóan ennek a fokozónak a célpontjai.

Kutatásaink azt sugallják, hogy a kockázattal járó fokozó fokozatos törlése utáni transzkriptom jellemzés hasznos módszer lehet a GWAS utáni elemzésekhez. Eredmények CRC kockázattal járó SNP-k egy adott génhez kapcsolódva Tanulmányainkhoz 25 tag-SNP-t választottunk, amelyek közül 4-ben vastagbélrák 8q24 CRC fokozott kockázata társult az ázsiai származású esettanulmány-kontroll csoportokban, a többi pedig az Európából vastagbélrák 8q24 eset-kontroll kohorszokban; az egyes SNP-k genomikus koordinátáit az 1.

Ebből a 25 tag-SNP-ből csak egy található egy exonban, amely a MYNN gén harmadik exonjában fordul elő, és szinonim változást eredményez, amely nem vezet a kódolási különbséghez.

  1. Hólyag papilloma oka
  2. A genetika és az életmód szerepe a daganatos betegségek kialakulásában - ppt letölteni
  3. Étkezéseit teljes mértékben megtervezheti aszerint, hogy génjei alapján mely élelmiszerek előnytelenek Önnek, cserébe megfelelő táplálkozási tervet kap.
  4. Shiga toxin szerkezete, receptorai, retrográd transzportja, hatásmechanizmusa Shiga toxint termelő törzsek epidemiológiai adatai E.
  5. Ugyanakkor, hogy a genetikai variánsok ebben a lokuszban a betegség kockázatát nem teljesen jellemezték.

Mivel az LD változik a populációval, a populációalapú korrelációs SNP azonosításához az ázsiai populációt határoztuk meg az ázsiai eredetű eset-kontroll kohorszok segítségével azonosított négy tag-SNP elemzéséhez, és az európai populációt az SNP-jelölés többi tagjának elemzéséhez.

Annak meghatározására, hogy ezek a gének expresszálódnak-e vastagbélsejtekben, két RNS-seq replikátumot végeztünk a HCT sejtekhez, és a Roadmap Epigenome Mapping Consortium RNS-seq adatait is felhasználtuk a normál szigmoid vastagbélhez az expresszió vizsgálatához.

Absztrakt:

Vastagbélrák 8q24 méretű tábla a Megjelenik a FunciSNP által azonosított SNP-k száma mindhárom kategóriában mind a 25 vastagbélrák kockázati lókusz vonatkozásában lásd az 1. Az exonok esetében csak a nem vastagbélrák 8q24 SNP-k jelennek meg; zárójelben jelezték az előre jelzett SNP-k számát; a korrelált SNP-khez kapcsolódó expresszált gének listáját lásd a 2. Azokat a helyeket, amelyek ± 2 kb távolságra vannak a promóter régiótól, eltávolítottuk, hogy az elemzést csak a disztális elemekre korlátozzuk.

Ez a fennmaradó 68 távoli H3K27Ac hely sor a 25 kockázati lókusz ben volt. Szemrevételezéssel csak az SNP-ket összekötő, robusztus javító szerek azonosítása érdekében, a szélső perem mellett, a készletet 27 javítókészülékre csökkentik, amelyek a 25 rizikólokuszból kilencben vannak; egy további erősítőt azonosítottak az SW sejtekben mind a 28 fokozó genomhelyét lásd a 3. Úgy döntöttünk, hogy a kiindulási helytől felfelé és lefelé 2 kb-t foglalunk magukba promóter-proximális régiókként, mivel számos 25, os vizsgálat, valamint az ENCODE TF Chromatin immunprecipitációs szekvenáló ChIP-seq szekvencia vizuális vizsgálata azt mutatta, hogy a transzkripciós faktorok kötődhetnek a TSS mindkét oldalához.

IME - Interdiszciplináris Magyar Egészségügy

Ezen SNP-k nagy része ugyanazon promóter régiókba tartozik. Különböző promóterekbe történő összeomláskor 17 fehérjét kódoló gén és 2 nem kódoló RNS TSS-régióit azonosítottuk, amelyek HCT vagy szigmoid vastagbélsejtekben expresszálódnak; a promóter SNP-k további 4 expresszált gént azonosítottak, amikor nagyobb számú TCGA vastagbéldaganat-mintát elemeztek 2. Lehetséges azonban, hogy a megnövekedett kockázattal járó releváns SNP egy gén disztális szabályozó elemében helyezkedik el, amelynek funkciója fontos a sejtek növekedésében vagy a tumorigenitásban.

Ennek a lehetőségnek a kezelésére a H3K27Ac hisztonmódosítást használtuk az aktív szabályozó régiók azonosítására a vastagbélrákos sejtek vagy a normál szigmoid vastagbélsejtek genomjában. A ChIP-seq adatok mind a normál, mind a tumorsejtek esetében két replikátumot tartalmaztak.

Miután megállapítottuk, hogy a HCT és a szigmoid vastagbél adatkészletek kiváló minőségűek kiegészítő 4. A normál és a tumorsejtek H3K27Ac csúcsainak összehasonlítása azt mutatta, hogy a minták nagyon hasonlóak; Valójában ~ 24 H3K27Ac csúcs jellemző a normál és a tumorsejtekben. Világos azonban, hogy vannak néhány, a normálra jellemző csúcs, és néhány, a tumorsejtekre jellemző csúcs. A SNP közül olyan H3K27Ac helyen helyezkedett el, amely mind a normál, mind a tumorsejtekre jellemző, míg egyedi volt vastagbélrák 8q24 tumornál és egyedülálló a normál sejteken.

Az SNP-k számának csökkentése a különböző H3K27Ac helyek számáig 47 közös, 41 tumorspecifikus és normál-specifikus régiót eredményezett. A szemrevételezés azt is kimutatta, hogy a H3K27 genomiális régióinak egy része megfelel a promoter régióknak vastagbélrák 8q24.

Mivel a korrelációs SNP-kkel rendelkező promóterrégiókat már a TSS régiók segítségével azonosítottuk lásd fenteltávolítottuk a promóter-proximális H3K27Ac helyeket, így 27 közös, 32 tumorspecifikus és 96 normál-specifikus disztális H3K27Ac régiót kapunk. Megfigyeltük, hogy az azonosított régiók egy része megfelel az alacsony rangú H3K27Ac csúcsoknak.

Gellért Medical Laboratórium

Későbbi elemzéseinkhez a robusztus javító szereket szeretnénk korlátozni, amelyek korrelálnak az SNP-kkel. Ezért szemrevételezéssel megvizsgáltuk az összes olyan genomiális régiót, amelyben azonosították a távoli H3K27Ac csúcsokat, amelyek korrelált SNP-t tartalmaznak. Annak érdekében, hogy a disztális régiókat prioritássá tegyük a további elemzés céljából, kiküszöböljük azokat, amelyeknél a korrelált SNP-k a H3K27Ac jel által lefedett régió szélén voltak, vagy nagyon alacsony rangsorolású csúcsnak feleltek meg.

Eredményeink megerősítésére megismételtük az elemzést egy eltérő vastagbélrákos sejtvonal, SW H3K27Ac adatainak felhasználásával, és csak egy olyan további fokozót azonosítottunk, amelyek kockázati SNP-kat hordoznak a CRC-hez.

A kilenc genomi régióba csoportosított 28 fokozó szer genomi koordinátáit a 3. Az összes adatot kombinálva, a kilenc régió közül ötben a fokozók mindhárom sejttípusban azonosíthatók, a kilenc régió nyolc közül pedig a sejttípusok közül legalább kettőben azonosítottak. Faktorkönyv pozíciós súlymátrixait felhasználva azonosítottuk az összes olyan korrelációs SNP-t, amelyek a transzkripciós faktor kötési motívumában kritikus helyzetbe estek 3.

Ezért az elemzést azután a korrelációs SNP-k sorára korlátoztuk, amelyek a 28 robusztus javító hatáskörébe tartoznak 2. A 36 faktor közül a legtöbb a normál és a vastagbélben megközelítőleg azonos szinten, vagy a HCT sejtekben magasabb szinten expresszálódott, mint a normál vastagbélben. Férgek elleni hatékony készítmények tényező ugyanakkor nagymértékű csökkenést mutatott a gén expressziójában a HCTban, összehasonlítva a szigmoid vastagbélsejtekkel, beleértve a FOS-t és a JUN-ot, amelyek ~ szer magasabbak voltak a normál vastagbélben, valamint a HNF4A és az ETS1, pabibabum paraziták a normál vastagbélben 30—szeresesek voltak; 3.

Teljes méretű tábla A kockázattal összefüggő gének jelölt elemzése Noha az exon vagy a TSS SNP-k által azonosított gének egyértelműen jó jelölt gének a vastagbélrák kialakulásában játszott lehetséges szerepük elemzéséhez, nehéz egy célgént egyértelműen összekapcsolni a disztális erősítő régióval, mivel az erősítők mindkét irányban működhetnek, és nem feltétlenül szabályozzák a legközelebbi gént.

Valójában a közelmúltban az ENCODE konzorcium számolt be arról, hogy egy távoli elem fizikailag hozzákapcsolódhat körülbelül három különböző promoter-régióhoz Ezek az elemzések együttesen azt sugallják, hogy a három legközelebbi gén megvizsgálásakor ésszerű listát lehet készíteni azokról a génekről, amelyeket a CRC vastagbélrák 8q24 járó fokozói potenciálisan szabályozhatnak.

Ezért a GENCODE V15 adatkészletet használtuk, és azonosítottuk a kódoló gének vastagbélrák 8q24 legközelebbi promóterét és a nem kódoló transzkripciók három legközelebbi promóterét a 28 fokozó körül 1.